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Gameplay, Cinematic, Maps, HUD, Menus, Écrans de chargement, etc. sont projetés dans la 3D stéréoscopique des 3ds. Le nouveau mappage des boutons avec le Slide Pad et le Touch Pad donne au joueur un contrôle transparent pour équiper des armes et des gadgets pour des exécutions de mission plus efficaces. Le protagoniste Sam Fisher est équipé d'armes améliorées et de meilleurs gadgets pour infiltrer l'ennemi: nouvelles lunettes de fusion, dispositif de désactivation électronique OCP, mine murale, plus d'add-ons pour le fusil SC-20K et plus encore. Le crochetage des serrures est amélioré en utilisant le nouveau Slide Pad pour imiter le réalisme du crochetage. Le piratage a également évolué des codes numériques à la résolution d'énigmes 3D interactives.